Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan berdiri pada tanggal 21 Agustus 1984 berdasarkan SK Direktorat Jenderal Pendidikan tinggi Nomor: 102/DIKTI/Kep/1984. Peringkat akreditasi terakhir B sesuai dengan SK BAN PT 080/SK/BAN-PT/Ak-XI/S/VIII/2013.

​

Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan mempunyai visi, misi, sasaran dan tujuan yang tidak hanya sekedar untuk menjawab kebutuhan pasar tenaga kerja melainkan juga mampu menjawab kebutuhan  pengelolaan sumberdaya perairan yang berbasiskan ekologi hutan  tropis lembab yang menjadi ciri utama Provinsi Kalimantan Timur. Alumni Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan mampu berkontribusi dan berperan aktif pada pengelolaan sumberdaya perairan Kalimantan Timur dan kawasan nasional. Pada umumnya berkaitan hal tersebut visi dan misi manajemen sumberdaya perairan diharapkan mampu menjawab tantangan pengelolaan sumberdaya perairan.

​